仕事を探していた「上川アキラ」はある医療事務募集の広告を見つける。面接に行くとそこは森の中の廃病院のような場所だった。そこにいたのは医者と看護師と麻酔科医の3人だけ。人手不足だったのかあっさり採用が決まってしまい、少し半信半疑なアキラだったが、帰る途中忘れ物に気付き病院に取りに戻る。そこで見たのが3匹の化け猫たちの宴会だった。

山猫たちが運営する「山猫医院」だと知った「アキラ」。主治医である「縄文時平衛門」はそのことを誰にも言わずにここで働くことを「アキラ」に懇願し、誰かに言った場合は食い殺すと脅す。恐怖を感じる「アキラ」だったが、他に働き口もないためしぶしぶ承諾する。そこへ一人の患者が訪れる。

風邪をひき熱で朦朧としながら「山猫医院」に訪れた「珠川菊子」。久しぶりの患者に大喜びの「平衛門」はさっそく処置に取り掛かる。「平衛門」に言われるがまま手当される「菊子」は悪化していく。見かねた「アキラ」はごく一般的な療養の知識で「菊子」の悪化を食い止め帰らせる。それを見た「平衛門」は感動し「アキラ」を褒めたたえる。

前回の患者への処置の様子から、なぜこの病院に患者があまり来ないか理解した「アキラ」。この状況では食べていけないため少しでも病院の評判を上げようと「平衛門」たちに相談する。すっかり「アキラ」になれた「山猫医院」の3匹はまるで飼い猫のように「アキラ」にじゃれる。その様子を見て3匹を叱る「アキラ」。

患者の処置を教えるため「アキラ」は親友の「紺野ホリイ」を騙し病院に誘い込む。山猫だとばれない様に「ホリイ」練習台にする「平衛門」たち。しかし看護師の「シュバルツ・クロノアール」のミスで、山猫であることがばれてしまう。猫好きな「ホリイ」は時々様子を見に来ることにする。

「山猫医院」にかかってからなぜか霊感が強くなった「珠川菊子」。「菊子」が見える人間だと知った幽霊や怪異達は菊子にどんどん取り付いていた。体調がすぐれないため元に再び「山猫医院」に向かう「菊子」だったが、着いたとたん取りついていた「怪異軍団」達が暴れ出し大変なことになる。

「菊子」の一件で完全に「怪異軍団」に呪われた「山猫医院」。化け猫である「平衛門」達も怖がって仕事にならない。「アキラ」は「ホリイ」と「菊子」を呼び解決策を考える。「菊子」が言うには「怪異軍団」達は病院の中にある何かに引き寄せられているらしい。

「山猫医院」は廃病院に勝手に住み込んだ山猫たちが始めたもので、病院の詳しいことは「平衛門」達は知らなかった。「霊感より地下になにかおぞましいものがあると推測する「菊子」。山猫たちは最近怖くて眠れないため、「アキラ」たちを巻き込んで地下を探索する。

地下に行くと霊安室が存在していた。その奥で怪異達をおびき寄せるくらいの怨念や邪念を放ったお札だらけの大きな箱を見つけた3人と3匹。お札をはがし恐る恐る中を見るとはいっていたのは、「平衛門」の兄弟の「縄文時又兵衛」だった。

以前「又兵衛」が山猫の森の長の跡取りを「平衛門」にさせるため、「山猫医院」へ訪問していた。人間を食ったりという下品な生き方をしている「平衛門」を叱りしつこく山猫の森へ帰るようにうるさく言っていたため、「平衛門」は「やくい」の麻酔で眠らせて箱に封印したのだった。

「又兵衛」の封印が解かれ怨念や邪念が晴れた「山猫病院」から怪異達は消え去っていった。しかし再び「又兵衛」は「平衛門」に山猫の森に帰るように説得し始めた。困った「平衛門」はとっさに「アキラ」を婚約者だと嘘をつき、もう戻らないと言い張る。困惑する「アキラ」と「又兵衛」。

自身も人間に恋した経験のある「又兵衛」は「平衛門」を哀れみ、山猫の森へは帰らないことを承諾する。その代わり一度「アキラ」を連れて長である大親猫にあいさつに行けと条件を付ける。

「アキラ」をのぞく人間以外と「山猫医院」の3匹を山猫の森へいざなう「又兵衛」。

「大親猫」の家についた「平衛門」たち。しかし様子がおかしい。「大親猫」は病気で苦しみながら寝込んでいた。その様子を見た「平衛門」たちと「アキラ」は必死に看病する。目を覚まし一命をとりとめた「大親猫」の様子を見て、やはり山猫の森へ帰る決意をした「平衛門」だったが…。